Seguramente no será el mismo caso,pero cuento una experiencia..
En este caso era de disco duro a disco duro,,una clonación completa de todo,incluido el SO..
En mi caso..una vez clonado y con ambos discos duros conteniendo lo mismo...si arrancaba con los 2 conectados,pues si lo hacia pero notaba que me daba un error..
Si luego ponia el disco clonado del viejo ,solo,,,ya no me daba las opciones de arranque...como si se hubiera. estropeado .
La forma de que funcionara bien era,desconectando el disco inicial..y dejar solo el disco nuevo que recibió la clonación,asi no habia errores y funcionaba perfecto y estando él solo puesto.
Antes de borrar el HDD,yo probaria a dejar solamente conectado el SSD y si arranca sin problemas y funciona todo,pues entonces borrar el HDD.
Sino fuera asi,pues volver a clonar..poner solo el SSD y ver si vá bien y luego,si puede ser por otro modo,como conectado por caja USB,borrar el HDD y ya si se podria poner con el SSD..(no tiene SO,no hay conflictos).