A ver, complicado no es en absoluto, pero tu ya has reconocido que ni sabes de qué te estamos hablando. Por lo que puedes hacer una avería considerable.
Formatear te va a llevar otra vez al principio, con el disco totalmente vacío, pero con una partición de 500gb. Tienes que borrar todas las particiones y hacer una más grande, o redimensionar para ocupar todo el risco disponible.
Gparted es una herramienta para formatear, mover, redimensionar, etc las particiones de un disco. Es bastante sencillo de usar, y si tienes un cd o pendrive se puede arrancar un entorno Linux de prueba con gparted.
Si solo quieres copiar archivos, como me temo, borra las particiones, crea una de 1tb y copia los archivos a mano.
Si lo que quieres es clonar el disco para poder arrancar desde él, lo cual probablemente no podrás hacer con Windows en un disco externo, tienes que usar gparted con el disco tal cual lo tienes ahora. Mueves la tercera partición al final y extiendes la segunda partición para que use el resto del espacio disponible.
Saludos