Problemas con Snaps en los emuladores

Mayusculas y minusculas?, no sea case sensitive como en Linux

¿a que te refieres Hal9000?
Te dejo las rutas por si sirve de algo, tal cual está en la XBOX:
F:\Emulators\MednafenX-PCE\Screenshots
F:\Emulators\NeoGenesis\Screenshots

Entro en cada emu, voy a las opciones y el el apartado de cambiar las rutas elijo dentro de D:\ la carpeta Screenshots y confirmo con el botón Start. Creo que lo hago bien

Edito para comentar que en la ruta de las Roms (que me reconoce perfectamente sin tocar nada) al entrar en la configuración del emulador viene lo siguiente: D:\Roms\* y en la de las capturas viene la ruta D:\Screenshots
También comento que las capturas están en formato PNG.

Edito otra vez: Cada imagen del juego, por lo que he visto al hacer una captura de pantalla con el propio emulador se guarda en una carpeta con el nombre del juego, por ejemplo si capturo el juego 1943, la captura se guarda en F:\Emulators\MednafenX-PCE\Screenshots\1943\0001.png
Ahora mi pregunta es ¿cómo meto las Snaps, cada una en una carpeta con su nombre sin hacerlo a manita?

...los emuladores de xport funcionan así, el por qué lo sabrá él, así que te toca ir haciéndolo a mano o ir capturando las pantallas con el mismo emulador (así al menos pruebas los juegos y sabes más o menos de qué van)

Es una putada como un templo.
He pensado en lo siguiente. Con WinRAR comprimir las imagenes en carpetas separadas, una vez echo esto, elegir la opción descomprimir (en carpetas separadas también) con lo que cada imagen quedará en la carpeta de su nombre. Eso si, en vez de llamarse 0001.png, se llamará con el nombre del juego, con lo cual no se si habrá algún problema.
¿alguna alternativa a los emus de XPort, aúnque creo que son de lo mejorcito para XBOX, pero ese tema es una pequeña putadilla.

Joer suerte que roberts_2 me ha salvado la papeleta, sino no sabria ni que contestarte

Sobre los inis, en la Xbox normalmente la D:\ en los inis hace referencia a la propia carpeta de instalación y no al lector.
Por eso te reconoce las roms cuando estan en D:\roms\ en la misma carpeta de instalación y en cambio no va a buscarlas al lector.

Otro trabajito de chinos, supongo. Voy a meter todas en sus cartpetas y a ver que pasa.