Pues si sabes hacerlo y puedes conseguir el codigo fuente del emu, supongo que no te costaria mucho.
Otra solucion mas chapucera seria probar haciendo una imagen de cd del emu con las roms y pasarla al hdd a ver si funciona.
Aquí puedes ver como se hace con otros emus para usarlos con usbextreme, pero el proceso es el mismo.
