Por lo que he leido se me ocurren dos soluciones, la de toquetear el lector del UMD (aunque es raro que sea eso, ya que es independiente de que esté emulado o no) y la de que se haya quedado en la RAM la información. La cosa es que la dejes sin bateria y sin conectar a la red, el hardware puede tener esas cosas y aunque la memoria es volatil quizas pueda mantenerse durante un tiempo debido a algun tipo de carga estatica o algo así. Lo que pasa es que no hagas pruebas intermedias, es decir, dejala 3 dias, no pruebes cada poco que sino estamos en las mismas, tambien intenta encenderla sin bataria ni nada para intenter consumir lo que pueda haber por ahí. Personalmente creo que no escribe en la Flash, pero hay que tener en cuenta que nada se ejecuta desde la flash, al igual que en un PC todo se ejecuta desde memoria (RAM) y si nos ponemos quisquillosos desde los registros del procesador. Es comprensible que si le ha quedado ese archivo de arranque bloquedado en la memoria y en la cache del procesador intente arrancar un firmaware que no existe, dew todos modos pon la memory stick como estaba, con Device Hook y el juego en cuestion ya que si intenta arrancar desde ahí, al menos encuentre los ficheros en la ruta.
Espero que lo soluciones, pero ya te digo, dudo mucho que sea una cosa de flash, no sé el sistema de arranque de la PSP, pero quizas los registros no sean volatiles y debido al cuelge no se te hayan vaciado bien, aunque un apagado con power debe borrarlo todo sin problemas.
Un saludo