Es relativamente común que dejen de funcionar cosas muy concretas de una placa base, como la tarjeta de red, la de sonido o los USBs. Es muy posible que la controladora USB 3 esté muerta, ya sea porque venga así de fábrica o haya muerto con el tiempo.
A mi me pasó con una de gama alta con dos tarjetas de red, cascó una y al cabo de medio año cascó la otra. El resto de componentes funcionaban de lujo, sólo murieron las tarjetas de red.