Pues por lo que tengo entendido, cuando toriyiama hizo que pasaran unos años en el manga de un capitulo a otro (es decir el principio de Z con son gohan crio), la toei le pidió que les dijera algo para que en la serie de televisión diferenciaran esa parte de la otra, y toriyama dijo que pusieran una Z porque era la ultima letra del abecedario, y con esto quería decir que el final estaba cerca. Luego, se alargó.
Esto me parece que lo leí en la biblia de dragon ball (ya lo comprobaré), en cuanto a GT, nunca se ha savido el significado, que yo sepa.
Tambien esta la opción que ya han comentado, se pone una Z normalmente para secuelas, etc.