Depende para lo que se quiera la funda. Si es para protección durante el transporte, cualquiera que esté bien acolchada y se pueda cerrar totálemte.., luego el tamaño dependerá de lo que queramos meter dentro (además de la NDS).
Si es para protección durante el uso, algo sencillo que no moleste al jugar, y que proteja de pequeños golpes o arañazos. A las de silicona yo les veo un defecto, y es que dada la textura que tienen, se les pega bastante la suciedad.
En mi opinión, y para este tipo de protectores, una buna solución tanto estética como de calidad son estas:
http://web.alechip.com/p1674_Angel-Case-Spain-Red-for-NDS-Lite.html
Las hay de distintos colores, están muy bien acabadas y encajan en la NDS Lite a la perfección.
Cualquiera de los dos tipos de protecciones son compatibles entre sí, o sea, que se pueden tener los dos simultáneamente.
Y en cuanto a los protectores de pantalla..., los mejores son los HORI, y los tienen en casi todas las tiendas.
Saludos.