Es un tema complicado y si buscas información por ahí te puedes aburrir.
De forma sencilla se podría decir que la frecuencia es la velocidad a la que lee los datos y la latencia es lo que tarda en llegar a esos datos. Hay formulas para hallar el tiempo de acceso y demás pero todo eso varía también en función del uso que le vayas a dar al PC.
Para que te hagas una idea yo tengo unas 2400 CL10 y en términos absolutos da mejor rendimiento que cuando las pongo 1600 CL7, pero tiene sus pegas, trabajar a esa frecuencia obliga a subir el voltaje, sube la temperatura del sistema incluso la del micro por lo que estas más limitado a la hora de hacer overclocking.
Yo ahora estoy trabajando a 1600 CL7 porque me permite hacer un overclocking al micro mucho más estable y fresco, de hecho probaré a bajar más aún las latencias siempre que el sistema sea estable.
Te pongo unas pruebas que he hecho con Performance Test 8:
i5 3.8Ghz 1600 7-8-8-24 2520pts 72º temperatura max con prime95
i5 3.8Ghz 2400 10-11-11-31 2904pts 76º
i5 4.4Ghz 1600 7-8-8-24 2796pts 84º
i5 4.4Ghz 2400 10-11-11-31 ????pts 100º salta la seguridad y baja la velocidad del micro
Como puedes comprobar a mayor frecuencia mayor rendimiento pero con consecuencias negativas, puedes poner unas rápidas si no vas a hacer OC o si tienes un sistema de refrigeración muy eficiente pero posiblemente lo mejor sea coger unas 1600 con la menor latencia posible, o incluso unas 2400 pero cambiarles la frecuencia y las latencias en la bios.