Cualquier obra de Shirow en especial Ghost in the Sello cualquier obra de Jiro Taniguchi (recomiendo el almanaque de mi padre), luego te recomendaría colecciones de mas tomos aunque puedes mirar por internet tambien:
Genshiken, un Seinen fantástico sobre un grupo de Otakus, aunque pueda parecerlo no es un manga friki si no un manga sobre frikis y el como viven sus vidas en comparacion con el resto del mundo, no ha salido en España, así que puedes bajártelo de internet (o comprar la version Americana como hice yo, 9 tomos de nada
).
Wellcome to NHK, un manga paranoico protagonizado por un Hikikomori que intenta dejar de serlo con la ayuda de una chica que tampoco es precisamente normal.
Virgin Boy, esto es Manwa pero tanto da, un chaval Koreano que vive en un Love Hotel y tiene como objetivo en la vida ser completamente hermafrodita en cuerpo y mente, una hermana profesora y ama del sado, una compañera de clase que atrae y es abusada por todos los pervertidos que busca cambiar para evitarlo y un montón de personajes mas a cada cual mas raro que el anterior, 2 tomos una pequeña joya.
Akira o La leyenda de la Madre Sara.
Nausica del valle del viento, un gran clásico
Gunnm una obra maestra del ciberpunk
Y un montón mas...
Ten en cuenta que en el manga vas a encontrar mayoritariamente obras "largas" de al menos 3 o 4 tomos antes que historias de un solo tomo, podria aconsejarte que si quieres antes de comprar nada te bajaras algun capitulo o tomo de dicha colección y mires a ver si te convence, no soy muy partidario de leer online si se puede comprar pero si dispones de poca pasta mejor asegurarte de que lo que te vas a comprar te va a gustar o esta en la sintonia que te va.
Sinceramente, en el mundo del manga no te vas a encontrar grandes historias en uno o dos tomos (las habrá, pero para nada es lo que abunda). Mi recomendación es que leas "seinen", ya que está dirigido a un público adulto y supongo que te agradará. Te voy a recomendar tres mangas por orden de preferencia: "20th century boys", "Monster" y "Say Hello to Black Jack". Hay mucha variedad en el manga "shonen" o "shojo", pero supongo que esos no te harán mucha gracia. 