Yo tuve un problema con un divx en cd que me dejaron y que tenían sectores defectuosos y lo pasé al HD copiandolo con el isobuster y diciendole que ignorara los sectores defectuosos,(encontraba el error al leer el 69% del fichero) después de eso el avi no se reproducía y lo tuve que abrir con el virtualdub (usa el nandub si tiene mp3 VBR) con la opción de Popup extended open options y después marcando la casilla de Re-derive key frame flags y después de esperar durante 2 horas en un PIII 550 ya pude guardar el avi y se reproducía bien, pero me desfasó un poco el audio del video a partir de los sectores defectuosos así que tuve que descomprimir el audio añadirle 0.5 segundo de espacio en blanco donde desfasaba, comprimirlo y unirlo todo otra vez y al final quedó OK.
La verdad es que lo más rápido tal vez sea intentar grabarlo con el clonecd y para que se salte los sectores defectuosos. Pero yo con el método de antes conseguí que quedará bien