El snes9x de retroarch va perfecto, igual q el john snes. Se me ocurre q uses un firmware stock reciente con nuevos drivers gráficos q tengan alguna incompatibilidad con ese snes9x. Prueba dos cosas en !as opciones de vídeo. Elige detect screen refresh este and ser, y te saldrá 59.94 hz. Desactiva el skip late frames. Y en gpu copy mode prueba a ponerlo en graphic buffer en vez de auto. De todas formas a mi no me dan esos problemas esos juegos q comentas, ni tiene input lag. Claro q yo uso mi firmware.,...
En cualquier caso retroarch y john snes son mejores q los emus de broglia. El core snes9x de retroarch va de diez , y con shaders como el hq2x se ven de lujo.