Hola,
A mi me ocurre exactamente lo mismo con retroarch, tras haber instalado sd2vita y henkaku enso con mlthaku.
Tengo la microsd de 64GB como memoria principal ux0, y ninguna otra tarjeta más.
Juegos, adrenaline, etc... funcionan correctamente pero retroarch.....
Buscando información, he observado lo siguiente :
Si te fijas dentro de la ruta ux0/data no existe la carpeta retroarch, y es ahí donde debería guardarse todo lo correspondiente a configuraciones , y demás.....
Yo he probado a crearla manualmente pero nada.
Siguiendo con el problema, probé también a cambiar las rutas por defecto desde Configuration/Directories desde el propio retroarch, y cual fue mi sorpesa al ver que no me deja explorar ux0, tan sólo podía acceder al directorio Vitashell y ROMS-retroarch (que creé yo previamente), lo cual me hace deducir, que a pesar de instalarse bien, retroarch no tiene acceso al directorio ux0/data , y por tanto no se puede guardar nada.
También cambié las rutas por defecto al directorio Vitashell, creando dentro toda la estructura de directorios, pero nada, al no poder guardar la configuración ( current ) actual, no conseguí nada.
A ver si alguien nos puede ayudar.
PS: Todo el resto ( juegos, adrenaline, etc.... ) funcionan sin problemas