A ver, Apunte/Consejo/Idea:
Tengo experiencia con tarjetas y USB para hacerlo booteables, y algunos sistemas necesitan formatear la memoria con un formato y tamaño 'especiales' (por ejemplo, el HDD Regenerator necesita que sea una particion FAT de menos de 2GB) , y ademas luego bloquea las particiones para que no se puedan modificar.
Solucion a este caso (y posiblemente extrapolable al tuyo): usa el comando DISKPART en Windows (en linux no se si tiene equivalente). Tienes que abrir una consola (con permisos de Admin por supuesto) y escribir y ejecutar el comando DISKPART. A continuacion, escribes 'Lisk disk' , localiza la tarjeta y seleccionala mediante 'select disk X' (donde X es el numero del disco/tarjeta). Una vez hecho esto, usa el comando CLEAN (OJO , que como te equivoques la vas a liar parda xD) y el comando LIMPIARA POR COMPLETO la tabla de particiones de informacion. Desde ese momento, podras volver a reformatear la tarjeta a tu antojo.
Si necesitas mas info sobre DISKPART, en google hay muchos tutoriales y guias. Suerte y ya nos contaras.