Aviso: mi propuesta es chapucera porque no sé si técnicamente se puede hacer mejor lo que pides.
Muchas veces sucede que se cuelga el explorador de windows y no queda más remedio que dar a las 3 teclas para terminar el proceso. Desde ese momento, puede verse que hay iconos de la bandeja, junto al reloj, que no aparecen aunque los programas que simbolizan siguen funcionando.
No sé si te funcionará con Torrent y eMule.
Si vas a hacer la prueba, conviene que sepas volver a abrir el explorador (y la barra de herramientas y de inicio, si desaparecen): haciendo click derecho en el Administrador de Tareas (el que se abre cuando se accionan las 3 teclas) en la pestaña Aplicaciones, elegir la opción Nueva tarea (Ejecutar) y Crear la tarea explorer (poner explorer en la ventanita).
Suerte.
