No he probado muchos, pero mi favorito es el M3 Simply.
Es facil de usar, encaja bien (sin sobresalir ni forzado), el interaz es muy bueno (me da igual que el menu no sea táctil; de hecho, prefiero usar los botones a estar con el lapiz todo el rato ), tiene montones de skins disponibles para personalizar, precio reducido, altísima compatibilidad con homebrew, actualizacones constantes (aunque podían ir sacando alguna ya para el soporte de las nuevas microSD) y lo que creo que es más importante para mi: ¡Que es de color negro como mi DS (a.k.a. "atrapahuellas")!.
No, ahora en serio; creo que lo mejor es la compatibilidad y la sencillez de uso. No he tenido ocasión de probar algo más reciente, como el Cyclo nuevo, pero por lo que leo en el foro es también muy bueno. De todos modos me quedo con mi Simply, aunque debería dar un tirón de orejas al M3 Team o a los chicos de Infantile Paralyser o a quien corresponda, porque tardar una hora en convertir a DPG un video de 35 minutos me parece una pasada.