Iré por partes xD
¿Por qué desordenaron el primer anime?
Supongo que por ser originales, mantener un poco el estilo de las novelas (en las que las historias cortas están salteadas) y poder así poner sólo una historia larga (Melancolía) en la primera "temporada", intercalándola con historias cortas para que el climax de la historia estuviera en el capítulo 14 en vez de en el 6.
¿Cómo encajan los 28 capítulos totales?
01 - 1x02 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi I
02 - 1x03 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi II
03 - 1x05 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi III
04 - 1x10 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi IV
05 - 1x13 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi V
06 - 1x14 - La Melancolía de Suzumiya Haruhi VI
07 - 1x04 - El Aburrimiento de Suzumiya Haruhi
08 - 2x01 - Rapsodia de la Hoja de Bambu
09 - 1x07 - Signo misterioso
10 - 1x06 - El síndrome de la isla desierta (primera parte)
11 - 1x08 - El síndrome de la isla desierta (segunda parte)
12 a 19 - 2x02 a 09 - Agosto Infinito
20 - 2x10 - Los suspiros de Suzumiya Haruhi I
21 - 2x11 - Los suspiros de Suzumiya Haruhi II
22 - 2x12 - Los suspiros de Suzumiya Haruhi III
23 - 2x13 - Los suspiros de Suzumiya Haruhi IV
24 - 2x14 - Los suspiros de Suzumiya Haruhi V
25 - 1x01 - Las aventuras de Asahina Mikuru Episodio 00
26 - 1x12 - Live a Live
27 - 1x11 - El Día de Sagitario
28 - 1x09 - Un día bajo la lluvia
Esta "redifusión"/"primera+segunda temporada" ya tiene los capítulos ordenados cronológicamente, para poder dejar paso a la futura película.
Para la cronología completa de la saga,
Baka-TsukiEso sí, si te pareció de "mente enferma" lo de desordenar los capítulos, sáltate todos los "Agosto Infinito" menos el primero y el último xD