Depende de lo que quieras, yo personalmente tengo de capuchon de 3 y 5 milimetros y tambien tengo de los smd concretamente 0603 que son muy pequeños (utilizo gafas con lupa para trabajar con ellos y soldador especial con una punta muy pequeña) y los 0805 que son un poquito mas grandes. Pero una cosa a tener muy en cuenta son los voltajes. Ya que en funcion del color, varia entre 1,8 a 2,1 ( verde, rojo, amarillo) o 3,1 a 3,3 voltios ( blanco, azul, esmeralda). Si conectas uno rojo (1,8 a 2,1) al mando directamente (2,4) se funde, tienes que conectarle una resistencia. Por otro lado si conectas uno azul, aunque se ilumina, no tiene toda la luminosidad.
Por esto te he puesto el link del documento para conectarlos mediante los opto aclopadores, ya que de esta forma consigues 5v y mediante resistencias lo dejas en los 3v para una buena lumibosidad de los leds. Que conste que todavia no he probado este sistema, pero tiene muy buena pinta.
Yo los leds los compro en ebay y dealextreme