No se puede generalizar en ninguno de los sentidos, pero si me apuras, eso que comentas es más cierto en el primer caso. Es decir, la mayoría de veces, si un backup funciona en externo, lo hará también en el interno. A la inversa es más difícil, aunque sólo sea, por ejmplo, por los archivos mayores de 4Gb.
Un saludo!