El problema está en el precio de las placas. Las mini itx con Z97 son supercaras, cuando una ATX las hay por muchisimos menos €. Vale que hay menos oferta de una que de otra, pero aún así.
Personalmente opino que las placas ATX se quedan para stackear gráficas y poco más. Si miras el grueso de usuarios, con sus equipos y los presupuestos de los que piden ayuda, es complicado encontrar gente que tenga pinchado algo más que el PCI-E 16x.
Siempre nos quedará un banco de trabajo, la dremel, y creerse un manitas.