Vale, ya he podido usar la NNID sin tener que re-formatear la emuNAND.
1. Antes de crear la emuNAND, tienes que estar seguro que tu NNID está metido en la sysNAND.
2. Luego, cuando hayas creado la emuNAND, si has separado las nand y has formateado la sysNAND, al ser distinta tienes que poner la misma NNID en la sysNAND.
3. Ya podrás entrar con tu NNID que tenías en la emuNAND previamente introducida (ya que la emuNAND es una copia de tu anterior sysNAND).
Hasta que no metí la NNID en la sysNAND no pude entrar a la eShop desde la emuNAND. Lo digo más que nada porque hay gente que ante la imposibilidad de entrar a la eShop ha vuelto a formatear la emuNAND, perdiendo lo que tenía.