Lo que pasa es que la mayoría de los emus, por no decir todos, si te fijas llevan una especie de explorador de archivos incorporado, vamos, que te dejan moverte por las carpetas buscando las roms, con lo cual realmente da un poco igual donde metas las roms ya que luego puedes ir a por ellas estén donde estén...
No se si este es el caso, pero al menos todos lo emuladores que tengo (snes, nes, mega, master, gba) todos te dejan ¨navegar¨por las carpetas en busca de las roms.
Otra cosa que me he dado cuenta que cuando intentas inyectar roms con un install que solo contiene roms te dice que nanai, tienes que meterlos con un hombrew si o si, es como que si en el install no hay un eboot.pbp no te lo instala.
Así que la solución que te propongo, que es lo que llevo haciendo toda la noche es aprovechar cada vez que vayas a instalar un hombrew y dentro de su install creas un carpeta yo que se, llamada roms1 con las roms, luego instalas el homebrew, da igual el que sea, y ya una vez instalado coges el Psplorer y mueves las roms a las carpetas que quieras.
Ten en cuenta que en un install normal, de algún homebrew cualquiera, le puedes meter los archivos que te de la ganas, fotos, roms, etc, luego ya con el psplorer vas moviendo de un sitio a otro.
No se si te he ayudado o empeorado mas, pero bueno, ahí te lo dejo.