Estoy seguro que esto deberia ir o en general o en software libre, pero no soy mod asi que me da igual.
Que emulador es? El mando debe funcionar perfectamente si maneja direct input o xinput, asumiendo que estas en windows.
Primero como medida preventiva, abre inicio y escribe "joy.cpl", una vez en dispositivos de juego dale en "Opciones avanzadas" Y como dispositivo preferido pon el mando.
Despues entras en el emulador y configuras los botones en el menu, eso es todo. No me explico porque tienes problemas