Pues aparte de que moverá menos aire y de que hará que la caja vibre, no creo que tengas mayor problema, siempre y cuando tengas controlada la temperatura de la fuente para evitar desgracias...
Si hubiese sido en el disipador dle procesador, la cosa podría ser más dramática, ya que cuando a un ventilador le falta un aspa, esto hace que la fuerza centrífuga que antes estaba repartida entre todas las aspas ahora se concentre en las que quedan, produciendo vibraciones y en algunos casos que yo he visto, que el disipador haga mal contacto con el procesador con el consiguiente calentón...