Empezar empiezas como te de la gana a ti, esta claro
Pero lo "normal" (mejor digamos TIPICO, o HABITUAL), es empezar con uan distribucion de las que te hacen la vida lo mas sencilla posible, habituarte a ciertas cosas con ella, e irte adentrando en la manera de funcionar de linux. Logicamente eso depende de lo que quieras hacer, lo que quieras saber, y de que sepas actualmente.
No es lo mismo el que solo conoce windows y solo hace 4 clicks, que el que lo conoce a fondo y/o conoce otros sistemas operativos. Quien dice otros sistemas operativos, dice, por ejemplo, que en su dia usaba MSDOS con sus comandos, y editando archivos de configuracion y tal...
Vamos, que tu sabras que quieres, simplemente veo extraño que vas al reves de la gran mayoria que nunca ha visto linux, que suelen querer el mas facil, que permita todo claro, pero que se instale con 3 clicks y lo configure todo solo
Edit: El "alternate CD" es una version algo diferente de Ubuntu, que permite una instalacion personalizada y controlada por ti, a diferencia del Desktop que te lo hace todo solo casi.