En mi MSI me pasaba lo mismo... puedes probar desactivando el inicio rápido en opciones de energía, o bien, en mi caso, me funcionó crear un acceso directo a shutdown.exe con los siguientes parámetros:
Apagado:
C:\Windows\SysWOW64\shutdown.exe /s /t 0 /hybrid
Reinicio:
C:\Windows\SysWOW64\shutdown.exe /r /t 0
Es curioso porque, para el apagado, sigo indicándole que lo haga con inicio rápido (/hybrid) y no lo he desactivado en opciones de energía, pero, de algún modo si apago con las opciones del sistema Inicio - Apagar, la mayoría de veces, se apaga windows pero, no se apaga el equipo... se me queda en marcha, sin sistema operativo, y con el ventilador algo más revolucionado de lo normal (en especial para no estar trabajando...). Cuando pasaba eso, había que apagar a botonazo...
