La "Epístola 3" comienza con el vuelo de Gordon y Alyx hasta la Antártida en busca del Borealis, un viaje que concluye de forma violenta al acercarse bajo condiciones adversas a las coordenadas conseguidas al término del episodio 2.
En lugar de encontrar el navío, el equipo llega hasta una construcción fortificada del Combine. Esta edificación fue diseñada para bloquear en el tiempo y el espacio la manifestación del Borealis, que mediante el Dispositivo Bootstrap se habría dispersado hacia el pasado y el presente por error cuando científicos de Aperture intentaron desesperadamente que los alienígenas no se hiciesen con él durante la Guerra de las Siete Horas.
Por el camino se encuentran con la versión reanimada de Wallace Breen, puesta al frente de la defensa del Borealis. Aunque el original murió hace tiempo, el Combine almacenó una versión anterior de su consciencia y la implantó en un cuerpo deforme. El "nuevo-viejo" Breen está aterrorizado, odia a su propio ser y pide que alguien acabe con él.
El desarrollo del juego tiene lugar en un estado de permanente paradoja temporal y espacial. Freeman y compañía tendrían que enfrentarse al dilema de tratar de rescatar el barco para su estudio o destruirlo para evitar que cayese en manos de su némesis. Finalmente Alyx y Gordon intentan lanzar el Borealis hacia el centro de mando del Combine para destruirlo, pero justo en ese momento G-Man hace acto de presencia y revela que conocía a Alyx desde los sucesos de Black Mesa, cuando era una niña.
Alyx abandona el Borealis junto a G-Man. Gordon solo tiene tiempo para contemplar durante unos segundos el hogar de los Combine. No es un planeta, sino una esfera de Dyson. La explosión del Borealis no tendrá efecto alguno. Su muerte será en vano. Justo cuando el Borealis va a estallar, varios Vortigaunts aparecen a través de un portal y evacúan rápidamente a Gordon.