The Legend of Zelda: The Wind Waker HD Limited Edition tendrá una distribución limitada hasta fin de existencias, e incluirá además del juego una figura que reproduce a Ganondorf blandiendo dos espadas.
También será posible adquirir The Wind Waker HD junto a una Wii U Premium, que incluye un GamePad decorado con inscripciones doradas, un blasón dorado de Hyrule y los símbolos dorados del juego. En esta edición el juego se proporcionará mediante un código que permitirá descargar The Wind Waker HD desde la eShop.
