En el juego original la historia da un giro de tuerca al habitual secuestro de la princesa por parte de Bowser con la aparición de la villana Cackletta, que roba la voz de de Peach para llevar adelante sus malvados planes. Cuando Mario llega al rescate encuentra un Bowser con su plan habitual frustrado por los riesgos que el "explosivo vocabulario" de Peach supondría para su castillo, por lo que decide unirse a Mario en la persecución del villano (para después poder continuar con el secuestro). Luigi llega a despedirse, pero es arrastrado a una aventura en la que también participarán los habituales secuaces de Bowser.
En cuanto al desarrollo, el equipo de AlphaDream aprovechó su anterior trabajo en el similar Tomato Adventure para presentar un divertido planteamiento en el que controlamos normalmente a los dos hermanos Mario de forma simultánea, resolviendo puzles y minijuegos basados sobre todo en sus movimientos y sincronización. Los enfrentamientos se llevan a cabo por turnos con una perspectiva lateral y varias mecánicas que recurren a la habilidad con el mando y el buen ritmo para mejorar nuestras posibilidades de victoria (y reducir el tiempo necesario para obtenerla).
La nueva versión contará con una serie de revisiones al desarrollo de la original, aprovechando la disponibilidad de la pantalla inferior para mostrar tutoriales de los distintos movimientos y añadiendo ciertas variaciones al catálogo de estos junto a otras ventajas como la posibilidad de marcar puntos del mapeado. A nivel técnico se ha actualizado la presentación y el estilo artístico para equiparar estos aspectos a los de los últimos juegos lanzados en 3DS, una diferencia considerable con respecto al sencillo pixel art del original.
La que tal vez sea la novedad más destacada llega en forma de un nuevo modo de juego al que hace mención la revisión del título, "Bowser Minions". Después de que la tradicional némesis de Mario no dé comienzo a su aventura de forma especialmente afortunada, su equipo de secuaces se verá obligado en esta modalidad a tratar de rescatarlo enfrentándose a las fuerzas del Reino Haba. El jugador queda encargado de seleccionar para cada batalla relativamente automática la combinación de unidades más apropiada y ordenar distintas tácticas durante su desarrollo; al completarse el enfrentamiento podremos reclutar a las unidades rivales supervivientes.
