Las facciones de Total War: Pharaoh están lideradas por cuatro futuros faraones de Egipto: Seti, Tausert, Amenmeses y Ramsés, cada uno de ellos con su propia historia y vínculos con Mernepath, así como con la corona del faraón. Debido a que los últimos años de gobierno del faraón Merneptah están a la vuelta de la esquina, todos tienen como objetivo alzarse con el poder para conducir la nación a través de la calamidad del Colapso de la Edad de Bronce. Los cuatro líderes son dignos pretendientes al trono y cada uno de ellos ofrece experiencias de juego y estilos de juego únicos.
En la frontera de Canaán con el Sinaí tenemos a Ramses, un vástago del dios del sol, Ra. Es un aspirante al trono joven y ambicioso que pretende seguir el camino de grandeza de su homólogo Ramsés II. Se trata de un líder que tiene una velocidad y dotes como ningún otro personaje, y cuyos ejércitos están formados por guerreros de élite, pocos pero bien equilibrados. Ramses deberá poner en práctica sus habilidades para lidiar con las incursiones del gran Irsu en la frontera cananea sin perder de vista a los otros rivales.
En Hardai y luchando contra las tribus del desierto occidental, encontramos a Seti, el hijo de Mernepath y el heredero legítimo al trono de Egipto. A pesar de ello, prefiere probar su valía y superioridad marcial en el campo de batalla, lugar donde también demuestra que su idioma es la guerra. Su estilo de juego se orienta casi por completo hacia un expansionismo agresivo, y utiliza un gran número de tropas prescindibles con el objetivo de abrumar al enemigo antes de que su infantería ligera y media asesten el golpe decisivo.
En tercer lugar tenemos a Tausert, que a pesar de ser la esposa de Seti alberga ambiciones imperiales propias y afronta el poder de modo muy distinto al de otros líderes. Se trata de una genio metódica con grandes conocimientos que elabora planes económicos para hacer crecer su imperio y vencer a sus enemigos. Su fuerza reside en la inteligencia y en su amplia red de recursos, que le permite construir poderosos ejércitos centrados en los carros. Su campaña empieza en los desiertos de Yebu, en el Alto Egipto.
Por último, al sur, encontramos a Amenmeses, el virrey de Kush y el hijo mayor de Seti. Este líder sabe que el verdadero poder sobre el hombre no se consigue a través de la lealtad, sino del dinero. Como virrey de Kush, Amenmeses tiene el control sobre las minas de oro de Egipto y utiliza este recurso para comprar fuerza o negociar con ella en la mesa de la diplomacia. Su unidad estrella son los arqueros kushitas a cuestas.
