La historia de Sakura Wars se desarrolla en una versión steampunk del Tokio imperial de los años 40 poco después de que un cataclismo haya arrasado la Compañía de Combate Imperial de Tokio, la fuerza defensiva de la ciudad. Su sede se encontraba en el Teatro Imperial, una instalación que ahora ocupa la División Flor, un escuadrón joven e inexperto cuyo objetivo es devolver la esperanza a la población con sus representaciones. A pesar de su entusiasmo el teatro atraviesa una mala racha y está a punto de cerrar.
Esta precaria situación será la que los jugadores de Sakura Wars se encontrarán cuando se pongan en la piel del capitán Seijuro Kamiyama, cuya misión es liderar al novato equipo y devolver al teatro y a la Compañía de Combate Imperial la gloria que había tenido en el pasado. Para lograrlo Kamiyama dispondrá de la ayuda de un pintoresco grupo de cinco artistas, todas diseñadas por Tite Kubo (Bleach).
Una de las principales características de Sakura Wars es el sistema LIPS o Live & Interactive Picture System, que influye en cómo el jugador interactúa con los personajes y entorno, lo que afecta a la forma en la que se desarrollan los eventos. El sistema LIPS interviene en cuatro escenarios diferentes.
- LIPS estándar: el más común y que presenta una serie de opciones de diálogo incluyendo el silencio
- LIPS de click: suele aparecer durante eventos especiales que involucran conversaciones cara a cara con acciones sensibles al contexto
- LIPS analógicos: se encuentra en momentos en los que se pide una respuesta y depende del jugador decidir cuánta emoción se imprime en ella
- Entorno LIPS: similar a los clásicos point-and-click, donde se presenta un rompecabezas que se debe resolver buscando pistas en el entorno
