Sí, sin dudas. Teniendo OSSC Pro, Morph 4K, mods HDMI y habiendo tenido (y vendido) el RT4K...los juegos de 32 y 64 bits a 4K (o 1080p) se van a ver (en mi opinión) mal, a menos que lo "emborrones" a lo bruto con shaders o mascaras.
Al final como bien dices, la imagen es la que es: de baja resolución, texturas pobres y poligonalmente simple. Y en el caso de N64 todavía peor, pues seamos sinceros, sus juegos nunca han sido visualmente atractivos debido a efectos gráficos como el blur o la niebla.
Pero como siempre digo, lo mejor es aceptar las cosas como son y adaptarse. Gastarse 400€ (o 900€ en un RT4K) para luego verlo todo intentando que se vea como en tu CRT de 40€...pues no es muy lógico.
Yo lo que hago es aceptar que si quiero verlo a 55" es lo que me toca "sufrir". O dicho de otra manera, si queremos verlo con estandares modernos, esto es lo mejor que se puede conseguir ahora mismo.