un truco chusquero que utilizaba con gnome-do (de donde deribó docky) era poner el icono que quería en el escritorio ahi cambiarlo y luego arrastrarlo a la barra docky de gnome-do, si no este por lo general coge los iconos del tema que utilices en tu escritorio y aunque cambies en el menu ciertos iconos no les hace caso, es una solución poco vistosa pero a mi con gnome-do (docky no lo he usado) me funcionaba