@_c_ la opción de meterle un lector de SD card sin duda tiene mucho valor, pero creo que en primero debes testar bien si la CHA está a funcionar a 100%, no se va a dar el caso de tener algún problema, aún que sea poco probable.
Después, por el trabajo que te dará instalar el hack mejor será instalar una imagen de sistema ya con el hack instalado y las particiones expandidas.
Hay 2 imágenes disponibles, solo con los 16 juegos oficiales, pero con la última versión del Choko Hack pre instalado y las particiones expandidas.
Sin Lakka (RetroArch)
https://f2h.io/vgvlgzrzl7i6Dual boot con Lakka
https://f2h.io/ohtlbelv632kVe en la wiki como poner la CHA en modo FEL y graba la imagen escogida con Etcher o con HDD Raw Copy.
Después tienes en github el pack "automatic lists" con guías en video para poner tus juegos en USB y podrás después copiarlos para jugar sin USB.
Si tienes problemas con el modo FEL puede ser el cable que no sirve o no está bueno.
Si no carga los juegos de USB puse ser incompatibilidad con la pendrive.
La CHA se tiene revelado muy problemática con eso.