Reconstruir la base de datos NO daña el disco duro
Lo que puede dañar el disco duro es apagar la consola mientras el disco está leyendo/escribiendo. Si haces (ó te pasa) eso, la siguiente vez que enciendas la consola te avisará de que se ha apagado incorrectamente y reconstruirá la base de datos. Pero lo que daña el disco duro no es reconstruir la base de datos, es el hecho de que se apague la consola mientras el disco lee/escribe.
Al parecer, al instalar el firmware 3.50, cuando reinicia reconstruye la base de datos. Eso es inocuo y será algún requerimiento del firmware. Eso no es ningún problema. El problema sería que la consola se apagase incorrectamente siempre y te anduviese reconstruyendo la base de datos cada vez que la arrancas. Eso a la larga puede dañr el disco duro.