La forma más rápida de actualizar de 5.0.0 a 5.0.1 sin perder nada, con el Nexus Root Toolkit:
1. Activar el modo 'no wipe' de NRT (options > flash stock > enable no wipe...).
2. Flashear 5.0.1 (Flash Stock + Unroot). Recordad que en este punto tarda
muchísimo en arrancar después de flashear, se pondrá a "optimizar aplicaciones" un buen rato.
3. Aquí ya podemos restaurar el root y custom recovery de la forma habitual.
4. Para evitar futuros quebraderos de cabeza conviene volver a desactivar lo activado en el paso 1.
Acabo hacerlo hace un rato en mi N4, con el bootloader desbloqueado, TWRP 2.8.2 como custom recovery, rooteado, la partición de datos cifrada (el más difícil todavía xD) y sin ningún problema. No he perdido nada pero os recomendaría hacer backup antes porque shit happens.
Al final no es tan rápido como una OTA, pero tampoco es tan complicado y el resultado es el mismo