En mi caso también subí hasta el nivel 3 el pirateo y similares al empezar el juego, pero no llegué a completarlo a tope hasta la parte final y porque me sobraban puntos. Las más útiles finalmente para mí fueron las relacionadas con salto (sobre todo la de caer sin daño) y la de fuerza extra para mover máquinas expendedoras, ya que al final, a la mayoría de habitaciones se puede llegar por conductos de ventilación. La invisibilidad también viene bien para alguna parte determinada del juego, aunque la pondría por detrás de las dos que acabo de comentarte. Que conste que esto es útil es para jugar con sigilo, si quieres ir a lo Rambo pues cundirán cosas tipo más escudo y vida, aunque probablemente te van a sobrar puntos de Praxis al final de juego, y harás chorradas como aumentar el tamaño del equipamiento al máximo cuando te queda menos de una hora de juego, la cosa era gastarlos y ya no se me ocurría en qué.
Y para los jefes, como menciona el compañero, lo mejor Tifón. Para el tipo de juego que es, los jefes me parece que sobran, al menos jugando por la vía del sigilo, así que con Tifón te los sacas rápido de encima y a seguir disfrutando del juego.
Saludos.