Los combates con los jefes varían dependiendo de como completamos las misiones.
Por ejemplo, si nos pasamos una fase completamente en sigilo, sin que nos descubran ninguna vez, podremos pillar a los jefes por sorpresa y matarlos en sigilo igualmente, en caso contrario, tendremos las luchas normales, que vendrían siendo lo mismo que los jefes de Metal Gear Solid...salvando las distancias.
Los escenarios en donde luchamos con los jefes también han sido rediseñados y tienen nuevas vías/items/zonas ocultas para poder combatir mejor con ellos o bien, salirnos de su zona de visión para convertir una lucha normal en una sigilosa, aprovechando el escenario y las zonas para ocultarse para de esta forma, poder sacarle provecho cualquier tipo de personaje que nos hayamos creado, sea enfocado en la infiltración o el combate.
La verdad es que se lo curraron bastante.