Buenas ^^
Lo primero: ¡Felicidades! x3
Respondiendo a tus preguntas:
1) Desbloquear finales tiene una trampa: si hablas con el NPC para reempezar la historia desde el principio y cumplir con las condiciones de otro final, todo lo que hayas desbloqueado en el post-game desaparecerá. Por ejemplo: Land of Ordeal, personajes de DLC, incluso personajes del propio modo historia. Ten presente esto a la hora de tomar esa decisión.
Por otra parte, los modos historia extra, como el de Fuka y Desco, no te obligan a reiniciar el ciclo, así que mantendrás lo que tienes. Eso si: al tratarse de otro modo historia, es posible que algunos personajes y extras no estén presentes mientras superas las fases, y en ocasiones incluso te cambian la base. Tampoco tendrás acceso a los mapas corrientes del juego (los del modo historia), sino a los propios de esta historia alternativa. Eso si: puedes volver al modo historia normal cuando quieras desde el NPC que corresponde, y creo que mantiene tus avances en la historia alternativa (siempre y cuando no reinicies ciclo).
Personalmente, yo te recomiendo que, si te ha gustado la historia, te pases primero los modos de historia añadidos después de entrenar un poquito a tus unidades. Pero si eres más práctico, y tienes la guía de Speedrun a mano, repite los ciclos para conseguir los finales extras y olvidarte de primeras de tener que repetirlo todo cuando ya te habías asentado en el Post-game, que luego da mucha pereza sacarlo todo de nuevo.
2) Para bien o para mal, el nivel máximo de las tiendas Rosen Queen es 12. Si lo que quieres es comprar otro tipo de objetos en las tiendas, y no quieres estar reseteando todo el rato, puedes echar mano del EvilSymbol de Rosen Queen, que según donde lo pongas tendrá a tu disposición una mercancia u otra (gracias a tu pregunta ya sé que tengo que modificar su correspondiente sección de EvilSymbol para añadir la lista de mercancías - posición).
3) Las opciones de la Dark Assembly varían según ciertas variables, entre las que figuran, entre otras, si el personaje uno de los protagonistas del modo historia (por ejemplo, Valvatorez puede solicitar en la Dark Assembly que Fenrich deje de seguirle por la base) o incluso el nivel. Comprueba a que nivel está el personaje con el que estás activando la opción de la Dark Assembly, y prueba a acceder a esa votación desde el personaje con nivel más alto de tu equipo.
Si el problema es que la opción te sale en gris ("Stronger enemies"), es que ya lo has activado anteriormente, y los enemigos están todo lo fuertes que el juego permite.
Si aún así sigues sin encontrarla, avísame, y te lo busco por alguna parte, porque la verdad es que es raro que no la tengas :S