Yo no sé el motivo lógicamente pero creo que me imagino porque hacen esto, a parte de el hecho de que en Japón hay más centros pokemon y más cultura popular de videojuegos en su sociedad creo que pokemon juega a darle valor a los pokemon especiales, los raros o imposibles de conseguir, y eso los hace más deseables al público, y les funciona, pues incluso con el hackeo que hay hoy en pokemon que hace que replicar estos eventos sea muy sencillo la gente aún pide estos eventos y se queja de que no lleguen estos eventos, pues dentro del ecosistema pokemon lo que hace Nintendo es canon o oficial, las copias o hackeos no, y hay un sentimiento de exclusividad al conseguir legítimamente un evento de estos, pues normalmente no se suelen repetir o se tarda mucho tiempo en hacerlo.
O mirad lo que ocurrió con el Yveltal shiny de Barcelona, tener ese código es muy difícil de conseguir, y ya teniéndolo se convierte en el Santo Grial de los intercambios pues raro es que alguien te rechace ese pokemon. Y lo del Jirachi shiny fue por un centro pokemon celebrando el tanabata o algo así, sólo ocurrió en un sólo centro pokemon y Japón es muy grande, así que hasta para ellos fue difícil conseguirlo.
Obviamente habrá otras razones, yo sólo digo las que creo claro.