Bueno os comento mis avances:
Por fin he conseguido que me lea más de 6 roms el cartucho.
He cambiado la tarjeta sony por una samsung class 10 de 32Gb, formateada en FAT32 por windows 7 (nada de las utilidades que he usado antes).
Las roms deben estar totalmente limpias, ser de la misma región que la consola y en formato .3ds.
Además al ordenarlas numerando las roms parece que va más rápido (o es la tarjeta). Por mi parte con que me pille el dichoso pokemon (no veas la lata del niño con el), ya me doy por satisfecho.
De todas formas algunas roms no entiendo por que no van.