@makeusmile Te aparecen como activos e instalados, pero no lo ves no? en la carpeta del juego supongo que no tendras la carpeta textures entre otras, que es donde irian la mayoria de mods.
El problema es que no guardaste un "perfil", si ves en el NMM arriba pone "new profile", ahi le puedes editar el nombre y darle a guardar, los mods que tengas activados en ese momento quedan guardados y activados con ese perfil, para por si por ejemplo la cagas o por lo que sea quitas varios mods y quieres recuperar el estado en que estaba todo instalado, no tienes mas que cargar ese perfil y listo, para eso lo normal es tener 2 perfiles, por ejemplo, perfil "pruebas" y perfil "modded", son nombres de ejemplo vaya, si solo tienes un perfil, y vas a perfiles, veras tu perfil el de ese momento, pero aparece en gris, no da opcion a cargar el perfil porque ya esta cargado, solo puedes renombrarlo o borrarlo, para evitar eso, crea 2 perfiles, aun que uno no lo vayas a usar, y el otro es el bueno, si haces algo mal, cargas el perfil que no vas a usar, aun que no tenga nada, y luego vuelves al bueno para que cargue todos los mods como los tenias antes de cagarla, no se si me explico xD
Supongo que guardaste los mods usando la opcion de "backup" del NMM, yo tambien la uso, y si no guardo perfil, me toca reinstalar los mods aun que en la lista aparezcan como activados, no estoy muy seguro como funciona lo de los perfiles, igual en la carpeta "Nexus Mod Manager\Fallout4\Mods", que dentro tienes la carpeta "ModProfiles" habria que guardarla manualmente, y al instalar NMM de nuevo y cargar un juego con el, cerrarlo, ir a esa carpeta y colocar la carpeta ModProfiles en su sitio, eso deberia guardar los perfiles, solo tendrias que cargar tu backup hecho con NMM y despues cargar el perfil y deberia el solito de instalar los mods en el orden en que lo hiciste y como lo dejaste, no se que otra forma hay de guardar perfiles, pero ya te digo que los perfiles son los que de verdad guardan la instalacion de mods, junto con el backup hecho con NMM claro.
De todas formas aqui tienes otra manera de hacerlo, no lo he probado, pero es oficial de NMM:
http://wiki.tesnexus.com/index.php/Back ... load_orderComo resumir ya no puedo despues de la chapa, basicamente te toca ir mod por mod, darle boton derecho a cada uno y darle a "reinstalar"
Para la proxima vez yo trataria de hacer lo que te dije, crea siempre 2 perfiles, el bueno y el secundario, aun que sea para pruebas, instala tus mods en el perfil bueno y dejalo listo, dale un nombre al perfil primero, cuando acabes, dale a la pestaña de los perfiles y ahi dale a "save current profile", ya tienes guardado eso, ahora haces la prueba, cambia al perfil de prueba, que no tiene nada, borrara todos los mods instalados, despues vuelve al perfil bueno, y los volvera a cargar e instalar el solito, y guarda la carpeta ModProfiles que dije arriba, no se si habria que guardar algunas mas, no hice la prueba porque soy un cagaleras y cuando restauro un backup me pasa como a ti, los vuelvo a instalar, en mi caso no es molesto, porque meto solo unos pocos mods, 10 o 12 y es un momento, pero cuando ya son muchos pues jode xD
Una ultimisima opcion y muy bruta, es que cuando haces el backup con NMM, marques todo en la ventanita que sale al crear el backup, vamos que te va crear backup del juego entero con todos tus mods, el backup ocupara pues eso, una barbaridad de gigas