Bueno técnicamente la fusión ya existe en Pokémon, por ejemplo el caso de Kyurem. Pero vamos que introducir una mecánica nueva para añadir Pokémon no es el problema, sino más bien que esa mecánica no sume números a la pokédex.
Entonces quizá lo de la fusión no sea del todo viable, al menos si el resultado del cruze es un Pokémon totalmente nuevo. Podrían hacer algo así como un sistema de mutaciones, de forma que si se cruzan x Pokémon entre sí, haya cierta probabilidad de que el Pokémon que nazca del huevo herede el tipo/s de su padre, junto con su habilidad y claro un cambio de diseño, aunque seguiría siendo de la misma especie que la madre.
Usando el ejemplo que puse antes, si cruzamos un Zoroark hembra y un Ninetales Alola macho, el resultado podría ser un Zorua de tipo siniestro/hielo con habilidad manto níveo o ilusión, evidentemente con un movepool nuevo que incorporase ataques de tipo hielo.