@Kiam89 La historia de los pokémon son independientes entre sí y realmente la chicha de los juegos está después de acabarla. Y si, se pueden conectar todos los juegos, pero dependiendo del juego en el que empieces tienes que seguir un proceso, se pueden llegar a tener pokémon desde los juegos de GameBoy Advance, te explico el proceso:
-Rubí/Zafiro/Esmeralda/Rojo Fuego/Verde Hoja (GBA) -> Diamante/Perla/Platino/Oro Heartgold/Plata Soulsilver (NDS/NDS Lite poniendo los cartuchos de GBA y DS a la vez)
-Diamante/Perla/Platino/Oro Heartgold/Plata Soulsilver (DS) -> Blanco/Negro/Blanco 2/Negro 2 (Teniendo 2 Nintendo DS de cualquier modelo mediante la función "Descarga DS")
-Blanco/Negro/Blanco 2/Negro 2 (DS) -> X/Y/Rubí Omega/Zafiro Alfa (Mediante una 3DS con la función del Banco Pokémon, previo pago de 5€ al año, Transferir Pokémon)
-X/Y/Rubí Omega/Zafiro Alfa (3DS) -> Sol/Luna (Mediante una 3DS con el Banco Pokémon teniendo la suscripción pagada)
-Rojo/Azul/Amarillo (De la consola virtual de 3DS) -> Sol/Luna (También con el Banco Pokémon de 3DS)
Hay que tener en cuenta que la transferencia es unidireccional, es decir, una vez pases al pokémon nunca podrá volver al juego de la generación anterior.
Si me permites una recomendación, si los encuentras a buen precio empieza por los remakes de Oro y Plata (Oro Heartgold y Plata Soulsilver), a día de hoy siguen siendo de los más completos en contenido junto a Blanco 2 y Negro 2.
Un saludo!