Los mods si se hace manualmente recomiendo que se editen los nombres de sus carpetas en lugar de cambiar el mods.settings, es más cómodo para cuando quieras quitar y poner alguno. El juego carga los mods por orden alfabético, si le poneis un número entre "mod" y "nombremod" os cargará ese antes que el de otro número, ejemplo:
mod1donjosé
mod2donpepito
mod3susanita
Y para ordenarlos yo lo que hago es ponerlos de más a menos importantes o que engloben más o menos cosas del juego, básicamente porque estos serán los que más carga necesiten y puede petar la pantalla de carga fácilmente, ejemplo:
mod1texturasengeneral
mod2texturaspiedras
mod3texturasciudades
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mod10carageralt
mod11pelogeralt
etc
Con este método he podido meter cerca de 45 mods sin problemas, eso sí, probando el juego cada vez que metía uno, el proceso es lento pero seguro.