No pasa absolutamente nada compañero.
Es lo que tienen los niños, preguntan por todo, y si la respuesta que le damos es una respuesta válida para su edad y conocimiento, mientras no se le engañe, pues no hay problema. Más adelante, con el paso del tiempo, irá preguntando más cosas relacionadas con "lo colgante" y demás cosas que le causen necesidad de conocimiento, más aún cuando entre al aula infantil, etc..., y tendrás que ir explicándole todo.
Siempre que sea la explicación verdadera y la pueda entender para su edad.
No hay que asustarse ni alarmarse porque te pregunte que es el pene, los espermatozoides, como se hacen los niños, etc....
Anda que no es bonito dar explicaciones verdaderas sobre lo que preguntan, y que lo pueda entender, sin necesidad de ocultar nada ni "engañar".