Que yo recuerde si te metías en un asentamiento de tipos feos por mucho que limpiaras, llegarían mas. Pero el flujo de tipos feos no era constante, podías limpiar la zona y moverte para pasar a sigilo de nuevo antes de llegar la siguiente "remesa".
Quitando eso, yendo campo a través, no se te echan encima no la mitad de bichos que en una base. Teniendo en cuenta que el lugar está sitiado es normal que venga alguno mas, pero no me pareció algo llamativo esto que comentáis. Me pareció coherente supongo, es natural que en un asentamiento vayan llegando tropas "de vuelta a casa", no tenía problema en estar ahí y ver llegar bichos, me parecía natural y pasaba bastante rato en esos sitios tanteando el lugar y los jefes.
Y es evidente que en esos lugares prima el sigilo sea con asesinatos agazapado o a flechazos. Si no salta la alarma, limpiar es efectivo (no llegaban nuevos muy rápido y te permitía moverte mejor y centrarte con el jefe si tocaba). Pero si te tiras de cara a un pez gordo de un ejercito en su propio fuerte, estás jodido, es normal que se te eche un ejercito encima. Luego fuera en encuentros en lugares mas aleatorios podías hacer lo que querías, pero no es lo mismo.
Mas adelante ya podréis manejar mejor las masas con los poderes activados con 2 botones (hay 1 en concreto que si mantienes el combo, está rotisimo), pero mientras tanto, el juego consiste en ser sutil y aprovecharte de las debilidades del cabecilla y del entorno.