Que tal:
Yo también tengo problemas para cargar los backups de GBA, tengo una O3DS con downgradeada de 9.9U a 9.2U y Emunand separada en 10.3U, tengo HomeMenu Hax y cargo el rxTools con CTRBoot. Los CIAs los instalo con el FBI que tengo inyectado en la aplicación de salud desde la emumand. Ya instalé el 0004013800000202.cia parcheado, lo borré y lo volví a instalar, los CIAs de los backups los instalé primero en emunand y luego en sysnand y aún así sigo teniendo pantalla negra que dice que hay que apagar la consola.
Veo que muchos tenemos este problema y se repite la misma pregunta una y otra vez. Sería bueno que alguien que haya logrado jugar sus backups de GBA sin problemas haga un tutorial un poco mas detallado.
Saludos