El unico problema que he tenido al convertir peliculas para el 3DS es el framerate.
Las peliculas vienen en 24 o 30 fps, y el 3DS solo reproduce peliculas a 20fps.
Al convertirlas esto produce que varios frames se pierdan y produce una sensacion de movimiento extraño haciendo que se vean mal =(
A menos que nintendo saque otro codec y se puedan meter en 24 o 30fps y en mejores formatos (Mjpeg es demasiado grande al final y poder en la consola no le falta) la consola no da para mucho.
Yo hare varios videos despues con el contenido hecho especificamente para 20fps en 3D.
Aqui una muestra
Video Ya saben donde ponerlo para verlo.