ya se puede jugar en segundo plano al pokemon con la actualización de 1.0.1 al menos en iOS, lo e comprobado y vibrarte te vibra cuando te sale un pokemon,las paradas no las probe.
copio texto de la info.
Aunque no aparezca en el changelog, otro cambio que ha sido introducido en esta versión es que la aplicación podrá, a partir de ahora, la aplicación tendrá acceso a poder notificarte cuando esté abierta. La aplicación puede quedarse en segundo plano con el GPS y los datos activados, y vibrar o lanzar un sonido en el caso de que pasemos cerca de un Pokémon, una PokéParada, o un gimnasio. De esta manera, no tendremos que ir pendientes del teléfono todo el rato, sino que podremos llevarlo guardado y sólo jugar cuando haya algo interesante a nuestro alrededor.